Một công ty TNHH nhỏ thường gặp ba loại thuế chính: thuế giá trị gia tăng gắn với việc bán hàng, thuế thu nhập doanh nghiệp gắn với lợi nhuận, và thuế thu nhập cá nhân mà công ty khấu trừ thay khi trả lương hay chia lãi cho cá nhân. Tuỳ ngành và tuỳ việc, có thể thêm thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế tài nguyên, các khoản liên quan đến đất đai. Mỗi loại thuế bám vào một dòng tiền khác nhau, nên cách dễ nhớ nhất là đi theo tiền.
Ví dụ giả định: chị Mai và anh Hùng lập công ty TNHH hai thành viên bán đồ gốm thủ công qua mạng, kho đặt ở Đồng Nai. Trước đây hai người bán theo kiểu hộ kinh doanh, nay khách sỉ đòi hoá đơn nên lập công ty. Bài này lần lượt theo đồng tiền từ lúc khách trả, lúc công ty trả nhà cung cấp, trả lương, đến lúc chia lãi cuối năm, để thấy thuế xuất hiện ở đâu. Thuế suất và ngưỡng cụ thể không nêu ở đây; phần đó bạn hỏi kế toán vì chúng thay đổi theo luật mới.
Tiền khách trả vào: thuế giá trị gia tăng
Mỗi lần công ty bán một bộ chén cho khách và xuất hoá đơn, trong giá bán có một phần là thuế giá trị gia tăng đầu ra. Công ty thu hộ phần này từ khách rồi nộp lại cho Nhà nước. Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 là văn bản gốc đang áp dụng; mức thuế suất tuỳ mặt hàng, dịch vụ, và có nhóm được giảm theo từng giai đoạn, nên kế toán phải tra đúng nhóm của sản phẩm.
Ở chiều ngược lại, khi công ty mua đất sét, men, thùng carton, thuê kho, công ty cũng trả thuế giá trị gia tăng đầu vào trong giá mua. Nếu công ty tính thuế theo phương pháp khấu trừ, số phải nộp mỗi kỳ là thuế đầu ra trừ thuế đầu vào hợp lệ. Nếu theo phương pháp trực tiếp, cách tính dựa trên doanh thu và không khấu trừ đầu vào. Phương pháp nào áp dụng cho công ty mới là việc cần hỏi ngay khi đăng ký thuế, vì nó quyết định cả cách xuất hoá đơn.
Điều đáng nhớ với chị Mai: thuế giá trị gia tăng không phải tiền của công ty. Nếu tiêu hết tiền khách trả mà quên phần thuế đầu ra, đến hạn nộp sẽ hụt tiền. Một thói quen đơn giản là chuyển phần thuế ước tính sang một tài khoản riêng ngay khi tiền về.
Tiền trả lương: thuế thu nhập cá nhân công ty khấu trừ thay
Công ty thuê hai người đóng gói và một người trực trang bán hàng. Khi trả lương, nếu thu nhập của người lao động tới mức phải chịu thuế sau các khoản giảm trừ, công ty khấu trừ thuế thu nhập cá nhân và nộp thay. Công ty không phải người chịu thuế, nhưng là người có trách nhiệm khấu trừ, khai và nộp; khấu trừ thiếu thì công ty là bên bị hỏi trước.
Ngoài lương, công ty còn trả tiền cho người chụp ảnh sản phẩm theo từng đợt, trả hoa hồng cho cộng tác viên giới thiệu khách sỉ. Những khoản trả cho cá nhân không ký hợp đồng lao động có quy định khấu trừ riêng, tuỳ giá trị mỗi lần trả. Đây là chỗ nhiều công ty nhỏ quên vì nghĩ "người ta làm tự do, tự lo thuế".
Lương còn kéo theo các khoản bảo hiểm bắt buộc theo Luật Bảo hiểm xã hội 2024: bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp, phần công ty đóng và phần trừ vào lương. Đây không phải thuế nhưng là nghĩa vụ đi cùng bảng lương, và cơ quan bảo hiểm xã hội đối chiếu khá kỹ với số người khai trên tờ khai thuế thu nhập cá nhân.
Lần theo dòng tiền: một tháng của công ty gốm
Bảng gom các dòng tiền thường gặp và thuế đi kèm. Đây là bức tranh định hướng, không đủ để tự khai; mỗi dòng có quy định chi tiết riêng.
| Dòng tiền | Thuế hoặc nghĩa vụ đi kèm | Ai nộp, khi nào (nguyên lý) |
|---|---|---|
| Khách trả tiền mua hàng | Thuế giá trị gia tăng đầu ra | Công ty khai theo kỳ tháng hoặc quý |
| Công ty mua nguyên liệu, thuê kho | Thuế giá trị gia tăng đầu vào | Được khấu trừ nếu đủ điều kiện và đúng phương pháp |
| Trả lương nhân viên | Thuế thu nhập cá nhân khấu trừ, bảo hiểm bắt buộc | Công ty khấu trừ và nộp thay, quyết toán theo năm |
| Trả tiền cho cá nhân làm tự do | Thuế thu nhập cá nhân khấu trừ theo từng lần trả | Tuỳ giá trị và loại hợp đồng |
| Lợi nhuận cuối năm | Thuế thu nhập doanh nghiệp | Tạm nộp trong năm, quyết toán sau năm tài chính |
| Chia lãi cho hai thành viên cá nhân | Thuế thu nhập cá nhân từ đầu tư vốn | Công ty khấu trừ khi chi trả |
| Bán hàng ra nước ngoài, nhập men từ nước ngoài | Thuế xuất nhập khẩu, thủ tục hải quan | Theo từng lô hàng |
Khi đọc bảng, bạn sẽ thấy công ty vừa nộp thuế của chính mình (thu nhập doanh nghiệp), vừa nộp thay cho người khác (thu nhập cá nhân), vừa thu hộ từ khách (giá trị gia tăng). Ba vai này cần ba cách quản tiền khác nhau.
Lợi nhuận cuối năm: thuế thu nhập doanh nghiệp
Thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên thu nhập chịu thuế, tức doanh thu trừ các khoản chi được trừ, cộng thu nhập khác. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 có quy định thuế suất riêng cho doanh nghiệp có quy mô doanh thu nhỏ, theo thông tin đã công bố; con số cụ thể và điều kiện áp dụng bạn hỏi kế toán, vì nó liên quan trực tiếp đến cách chị Mai lập kế hoạch giá bán.
Trong năm, công ty tạm nộp theo quý dựa trên ước tính, cuối năm quyết toán. Nếu tạm nộp thiếu quá mức cho phép so với số quyết toán, có thể phát sinh tiền chậm nộp phần chênh lệch. Với công ty mới, kế toán thường tính tạm nộp thận trọng, dựa trên sổ sách từng quý chứ không đoán theo cảm giác "năm nay bán được".
Điểm then chốt nằm ở chữ "chi được trừ". Khoản chi có thật nhưng không đủ hoá đơn, chứng từ, hoặc trả bằng tiền mặt vượt ngưỡng, sẽ bị cộng ngược lại vào thu nhập chịu thuế. Vì vậy chuyện kế toán đòi hoá đơn từng khoản không phải hình thức; mỗi khoản hụt chứng từ làm tăng số thuế phải nộp.
Những loại thuế và khoản thu khác có thể ghé thăm
Thuế theo ngành. Công ty bán rượu, đồ uống có đường, một số mặt hàng đặc thù có thể chịu thuế tiêu thụ đặc biệt; công ty khai thác cát, đá, nước có thể chịu thuế tài nguyên. Gốm thủ công thường không nằm trong các nhóm này, nhưng khi mở thêm dòng sản phẩm mới, hãy hỏi lại.
Thuế và tiền liên quan đất đai. Nếu công ty thuê đất, sở hữu nhà đất, sẽ có tiền thuê đất, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp tuỳ trường hợp. Công ty thuê kho của cá nhân thì chủ kho là người có nghĩa vụ thuế cho thuê, nhưng công ty có thể phải khai, nộp thay theo thoả thuận và quy định.
Lệ phí môn bài. Theo chủ trương được công bố năm 2025, lệ phí môn bài được bãi bỏ từ năm 2026. Bạn kiểm lại với cơ quan thuế quản lý trước khi bỏ khỏi lịch nộp, vì văn bản thi hành có thể có điểm chuyển tiếp.
Thuế với giao dịch xuyên biên giới. Mua phần mềm, dịch vụ quảng cáo của nhà cung cấp nước ngoài có thể kéo theo nghĩa vụ thuế nhà thầu hoặc nghĩa vụ khác tuỳ cách nhà cung cấp đó đăng ký tại Việt Nam. Chủ công ty nhỏ hay bỏ sót mục này vì thanh toán bằng thẻ, không có hoá đơn trong nước.
Từ bán hàng kiểu hộ lên công ty: ba thay đổi chị Mai thấy rõ nhất
Mỗi đơn đều phải có hoá đơn. Hồi còn bán kiểu hộ kinh doanh, nhiều đơn lẻ trên mạng không ai đòi hoá đơn. Ở công ty, mọi doanh thu đều phải được ghi nhận và xuất hoá đơn theo quy định, kể cả khi khách cá nhân không lấy. Hoá đơn điện tử giúp việc này nhẹ hơn, nhưng thói quen "đơn nhỏ thì thôi" phải bỏ từ ngày đầu.
Sổ sách theo chế độ kế toán doanh nghiệp. Công ty ghi sổ theo Luật Kế toán 2015 và chế độ kế toán áp dụng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa, có báo cáo tài chính năm. Không còn kiểu ghi chép thu chi đơn giản. Đây là lý do hầu hết công ty nhỏ thuê kế toán dịch vụ thay vì tự làm.
Tiền của công ty không còn là tiền của hai người. Với hộ kinh doanh, tiền bán hàng và tiền nhà thường lẫn nhau. Ở công ty, chị Mai và anh Hùng chỉ lấy được tiền ra qua lương, lợi nhuận được chia, hoặc các khoản có chứng từ. Mỗi lần rút tiền tuỳ tiện đều để lại một dòng khó giải thích trên sổ, và kéo theo câu hỏi về thuế thu nhập cá nhân.
Từ bức tranh tới việc làm: ba câu hỏi gửi kế toán tuần này
Biết các loại thuế không có nghĩa là tự khai được, và cũng không cần thế. Việc của chủ công ty là đặt đúng câu hỏi. Câu thứ nhất: công ty đang tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp nào, khai theo tháng hay quý, và mặt hàng chính của công ty thuộc nhóm thuế suất nào. Câu trả lời này quyết định cách báo giá cho khách sỉ.
Câu thứ hai: những ai đang nhận tiền từ công ty dưới dạng cá nhân, và với mỗi người, công ty đã khấu trừ thuế thu nhập cá nhân đúng cách chưa. Danh sách này nên bao gồm cả các thành viên nếu có nhận lương hoặc thù lao.
Câu thứ ba: tính đến hết quý gần nhất, lợi nhuận tạm tính là bao nhiêu và số thuế thu nhập doanh nghiệp tạm nộp có hợp lý không. Hỏi đều ba câu này mỗi quý, chị Mai và anh Hùng sẽ không bị bất ngờ lúc quyết toán. Mọi chi tiết vẫn phải kiểm lại văn bản hiện hành hoặc hỏi cơ quan thuế quản lý khi có thay đổi lớn.
Câu hỏi thường gặp
Công ty TNHH nhỏ có bắt buộc tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ không?
Không phải mọi trường hợp. Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện về sổ sách, hoá đơn, chứng từ thì áp dụng khấu trừ; có trường hợp áp dụng phương pháp trực tiếp hoặc được lựa chọn. Điều kiện cụ thể theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và văn bản hướng dẫn, nên hỏi cơ quan thuế khi đăng ký.
Bán hàng qua sàn thương mại điện tử thì công ty có còn phải tự khai không?
Với doanh nghiệp, việc sàn khấu trừ thay chủ yếu áp dụng cho hộ, cá nhân kinh doanh; công ty vẫn tự khai và nộp thuế của mình trên toàn bộ doanh thu. Bạn nên đối chiếu báo cáo của sàn với hoá đơn đã xuất mỗi tháng.
Hai thành viên chia lãi thì có phải nộp thuế nữa không khi công ty đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp?
Có. Thuế thu nhập doanh nghiệp đánh vào lợi nhuận của công ty; khi lợi nhuận sau thuế được chia cho thành viên là cá nhân, phần chia đó là thu nhập từ đầu tư vốn của cá nhân và công ty thường khấu trừ thuế thu nhập cá nhân khi chi trả. Kế toán sẽ hướng dẫn chứng từ đi kèm.
Có nên để riêng một tài khoản cho tiền thuế không?
Không bắt buộc, nhưng rất nên với công ty nhỏ dòng tiền mỏng. Mỗi khi tiền bán hàng về, chuyển phần thuế giá trị gia tăng ước tính và phần thuế tạm nộp sang tài khoản riêng, đến hạn chỉ việc nộp. Cách này tránh tình trạng có lãi trên sổ mà không có tiền nộp thuế.
Thuế suất ưu đãi cho doanh nghiệp nhỏ thì tự áp dụng hay phải đăng ký?
Thông thường doanh nghiệp tự xác định điều kiện và áp dụng khi khai, nhưng phải đáp ứng đúng tiêu chí về doanh thu và các điều kiện khác trong luật. Vì Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 là luật mới, bạn nên hỏi kế toán hoặc cơ quan thuế cách xác định cho năm đầu.
